Si prende cura dei pazienti colpiti da patologie causate da agenti infettivi: batteri, funghi parassiti e virus. Il reparto di degenza è formato per il 75% da stanze singole con bagno presso le quali è possibile anche effettuare l'isolamento dei pazienti con infezioni trasmissibili ed immunodepressi secondo le linee guida nazionali e internazionali. 

È attivo un servizio di Day Hospital con somministrazione di terapie endovenose 7 giorni su 7  ed un servizio ambulatoriale che gestisce attività complesse con ambulatori specialistici per: infezioni da HIV, virus epatite, patologie tropicali d'importazione, malattia di Lyme ed altre infezioni da vettori, terapie precoci COVID-19, infezioni dell'osso, delle articolazioni e di protesi ortopediche, medicina dei viaggi e delle migrazioni, infezioni a trasmissione sessuale ed infezioni nell'ospite immunodepresso (trapiantati, pazienti in terapia con farmaci biologici, cortisonici etc) e correlate alle dipendenze. Esistono attività multidisciplinari per la gestione delle infezioni osteoarticolari, delle endocarditi ed infezioni dei devices cardiovascolari, del piede diabetico, delle ferite complesse e la prevenzione e la cura delle infezioni nel paziente immunocompromesso (trapiantato, paziente reumatologico, ematologico, con neuropatie infiammatorie)  Inoltre, è attivo un servizio di consulenza interna per i pazienti ricoverati a Niguarda che effettua circa 5mila consulenze l'anno e sono attive convenzioni per la consulenza in altre aziende del SSR. Sono attivi inoltre diversi protocolli di sperimentazione clinica di fase II e III con farmaci di nuova generazione e di fase I sulla COVID-19. Il centro sta curando l’accreditamento come centro per sperimentazioni di fase I anche in altri ambiti infettivologici 

Ad ogni paziente con infezione da virus HIV e da virus epatite od altre infezioni croniche  è assegnato un proprio medico di riferimento che lavora in collaborazione con altri specialisti: neurologo, dermatologo, oncologo, ematologo e psicologo a seconda delle necessità.

È attivo, inoltre, un programma di trapianto di organi solidi (fegato, rene, cuore, polmone)  per pazienti con infezione da HIV. I candidati a trapianto possono rivolgersi agli infettivologi per una prima valutazione specialistica e per la programmazione degli accertamenti pre-trapianto. È in corso di attivazione un programma di Fecal Microbial Transplantation per le infezioni da Clostridioides difficile. 

Principali patologie e trattamenti:

-     infezioni da HIV e patologie correlate;

-     epatiti virali croniche, per curarle vengono impiegati i farmaci antivirali disponibili per il trattamento dell'epatite B e C; sono attivi inoltre diversi protocolli di sperimentazione clinica di fase II e III con farmaci di nuova generazione;

-     infezioni nosocomiali da germi multiresistenti (servizio di sorveglianza e consulenza insieme alla Farmacia e alla Microbiologia per i reparti dell’ospedale e per strutture esterne con sviluppo di progetti per la gestione degli antibiotici);

-     infezione nel paziente immunocompromesso;

-     malattie sessualmente trasmesse, prostatiti ed infezioni recidivanti delle vie urinarie;

-     malaria e altre malattie tropicali o d’importazione, correlate a viaggi e migrazione;

-     malattie esantematiche, sepsi, meningiti;

-     febbri di natura da determinare (FUO) e linfoadenopatie;

-     COVID-19;

-     endocardite;

-     infezioni dell'osso, delle articolazioni e di protesi ortopediche;

-    malattia di Lyme ed altre malattie da vettori.